Мех нутрии,обитающей в дикой природе имеет коричневый окрас с присутствием различных оттенков (бурого, желтого, серого и других),различной интенсивности — как тёмной так и светлой.Подавляющее большинство нутрий разводимых в искусственных условиях (стандартной породы) имеют аналогичную окраску меха,на животе немного более светлого тона из за более светлой верхней частии ости.

По бокам и на спине часть волос меха окрашена однотонно по всей длине,другая часть имеет светлое кольцо темно окрашенную верхнюю часть. Пуховой волос имеет коричневый цвет с голубым оттенком,равномерную окраску по всей длине.
При оценке в 5 баллов оценивают мех стандартных нутрий с остевыми волосами коричневого цвета различных оттенков или бурого окраса и коричневым пуховым волосом с присутствием голубого оттенка,имеющий равномерный окрас по всей его длине. Присутствие белых пятен на мехе или участков с присутствием различно окрашенного пухового волоса недопустимы. Присутствие на мехе пуховых волос имеющей зональную окраску снижает оценку до 4 баллов,присутствие коричневой окраски пуховых волос на животе с наличием небольшой красноты или бурым оттенком меха— до 3 баллов,а наличие коричневой окраски меха с сильно выраженным красноватым или бурым оттенком — до 2 баллов.
Выведено большое количество мутаций,которое привело к изменению в окраске меха нутрий.Например,были получены четыре мутации,определяющие белый цвет окраски меха с различными свойствами наследственности и выведена нутрия, с белым мехом,цвет окраски которой объясняется наличием двух мутантных генов. Весь мех белых нутрий при сортировке определяют в одну группу: главный их признак — белый цвет окраски меха. 
Оценку же дают по-разному.
Нередко рождаются белые нутрии —так называемые альбиносы.Мех таких нутрий имеет чисто белую окраску с розовыми глазами,что определяется рецессивными генами.Нутрии альбиносы характеризуются более низким воспроизводством,а качество меха у таких нутрий часто имеет плохое качество,поэтому они очень мало распространены.
В звероводческом хозяйстве "Северинский" (Краснодарский край) была получена белая северинская нутрия с чисто-белой окраской меха с генотипом hh.Гетерозиготные (Hh) представители нутрий отличаются от стандартных хорошо развитой пятнистостью белого цвета,главным образом на голове. У гомозиготной северинской породы нутрий глаза имеют голубовато-серый цвет,при этом они полузакрыты.Однако от самок этих нутрий малышей получить так и не удалось.Большинство самцов не проявляли половой активности.Все описанные трудности делают невозможным разведение нутрий этой мутации,несмотря на то,что они имеют очень хорошую окраску меха.
На зверофермах совхоза "Караязский" (в Азербайджане) была выведена и в дальнейшем размножена белая азербайджанская нутрия. Окраска меха этой нутрии предопределяется доминирующим геном W,который в гомозиготном состоянии (WW) создаёт летальное действие (малыши погибают ещё не родившись). Практически весь остевой волос так и пуховой у белых азербайджанских нутрий с чисто-белой окраской меха.Только вокруг глаз, у основания хвоста и возле ушей возможно наличие участков с окрашенным остевым волосом или что ещё более редко — остевыми и пуховыми волосами.Такие нутрии считаются породной группой.
Во время бонитировки в 5 баллов оцениватся белые азербайджанские нутрии если на их мехе отсутствуют темные пятна; при наличии тёмных остевых волос вокруг глаз, ушей или на огузке ценность меха уменьшается до 4 баллов; если окрашена и часть подпуши,но при условии,что на площади не более чем на 10 % от общей поверхности тела — до 3 баллов;при окраске опушения окрашенного на 30 % от общей площади меха — до 2 баллов.
Белая итальянская нутрия у которой светло-кремовый цвет окраски пуховых волос меха была привезена из Италии.Цвет окраски меха иногда переходит в светлую серо-коричневого цвета.Остевые волосы у меха таких нутрий должны иметь чисто-белый окрас,однако у некоторых нутрий на остевом волосе присутствует серо-коричневый оттенок,по этой причине такой мех имеет вид грязного.Нутрий с таким мехом выбраковывают.
У белых итальянских нутрий главной характеристикой при оценке меха является кремовый оттенок пуховых волос.С присутствием равномерного слабого оттенка кремого цвета подпуши мех оценивают в 5-баллов,оценка уменьшается при большем усилении кремового оттенка.Окрас меха белых итальянских нутрий обуславливается рецессивными генами tа tа .
У белых нутрий имеющих комбинативную окраску меха,известных как снежно-белые нутрии,имеют в своём составе гены как нутрии белой итальянской,так и ген,обуславливающий золотистый окраск меха V. При оценке снежно-белых нутрий принамают во внимание чистоту окраски меха. 
При наличии желтого оттенка на мехе оценка уменьшается до 3 баллов.
Ген определяющий стандартную окраску меха у нутрий мутировал многократно,поэтому в одной аллеломорфе с белыми итальянскими представителями нутрий находятся и бежевые нутрии (tsts) и розовые (trtr).Розовых нутрий в нашей стране практически не разводят.
У меха бежевых нутрий бежевый остевой волос и бежевый пуховой. 
Для получения бежевыми нутриями оценки в 5 баллов за окраску меха нужно,чтобы остевой волос имел дымчатый оттенок,вешинки были чисто-белого цвета, пуховой волос — бежевый.Если дымчатый оттенок в окраске меха отсутствует,то оценка уменьшается до 4 баллов,с присутствием более низкой чистоты в окраске остевого волоса и светло-бежевых пуховых волос мех оценивается в 3 балла,с коричневым цветом остевых волос и пуховых волос - 2 балла.
Гетерозиготы нутрии по генам этой аллеломорфы (Tta или Tts) назаются серебристыми нутриями.В отличие от стандартной окраски мех серебристой нутрии имеет более чистый окрас осветленных зон на волосе,это создаёт более осветлённый окрас и всему опушению.
Компаунды содержащие в себе гены белой итальянской нутрии и бежевой породы (tato) называются перламутровыми. При оценке нутрий бежевого окраса и перламутрового мех оценивается одинаково.Во время приёмки меха к перламутровым относят мех,содержащий остевой волос с коричневизной на хребте и бежевым оттенком на череве основанием и белой верхней частью. Пуховой волос на хребтовой части тела имеет бежевый или светло-коричневый окрас,на животе — менее тёмный. В ту же самую группу вносят и мех белой итальянской нутрии,остевой волос которых имеет кремовый оттенок. 
Мех нутрий с тёмно-бежевой окраской остевых волос,у которых только более светлые вершинки,отсортировывают как бежевый.В других странах были выведена чёрная порода нутрии с чёрной окраской остевых волос и тёмно-серым пуховым волосом меха,который определяется доминирующим геном Z. У представителей гетерозиготной чёрной породы нутрии (Zz) за ушами,гораздо реже присутствующий и по бокам может быть зонально,наподобие стандартных,пигментированный волос;
у нутрий гомозиготных окрас меха более сильный,при этом зонально окрашенные волосы отсутствуют. 
Во время оценки это принимают во внимание и 5 баллов присуждают гомозиготным нутриям с чёрной окраской, без присутствия посторонних оттенков и без наличия участков волосяного покрова на мехе со стандартной окраской. 
Для представителей гетерозиготных нутрий описанное допускается.С присутствием бурых оттенков оценка уменьшается до 4 баллов у представителей обоих генотипов.
Окрас меха у чёрных нутрий должна варьировать на животе от тёмно-коричневой до черной,мех на спине должен быть почти черный или черный; подпушь от темно-коричневого цвета до темно-серого.
Окраска меха ярко-желто-золотистого цвета у золотистых нутрий определяется доминирующим геном V. В гомозиготном виде (VV),создающий летальный исход. Во время приёмки меха золотистой породы нутрий нужно,чтобы остевые волосы имели золотистый окрас или светло-золотистый с пуховым волосом желтого или светло-желтого цвета с золотистым оттенком. При оценке от 5 до 3 баллов дают нутриям с золотистой общей окраской меха и светло-золотистым пуховым волосом; при этом наибольшую оценку получают представители с наименьшей разницей в окраске меха спины и живота,с большим различием в окраске оценка уменьшается. Нутрии с жёлтым,бледным и грязно-коричневым окрасом меха оценивают в 2 балла.
Существуют ещё мутантные формы нутрий с дымчатой (рр),кремовой (кк) и даже соломенной (желто-коричневой — bb) окраской меха,но они пока широко не распространены.
У цветных нутрий есть представители с комбинативными окрасками меха.При смешивании генов белой итальянской и золотистой нутрий рождаются нутрии с снежно-белым мехом,гетерозиготные с геном золотистой окраски меха и гомозиготные с геном белой итальянской нутрии (Vvtata) и лимонные нутрии с генотипом VvTta (гетерозиготы по генам обеих окрасок). 
При скрещивании последних между собой при рождении будет расщепление на стандартных (vvTT),золотистых нутрий (VvTT),лимонных нутрий (VvTta), серебристых (vvTa),белых итальянских (vvtata) и снежно-белых (Vvtata). 
При разведении "в себе" нутрий со снежно-белым мехом будет расщепление на снежно-белых и белых итальянских нутрий. Но если скрещивать снежных нутрий "в себе" нужно помнить,что рождаемость их будет меньшей за счет смертности гомозиготных по золотистой окраске меха малышей (VVtata).
Сложение генов чёрной окраски меха нутрии с генами рецессивными,обуславливающую окраску меха белых итальянских и бежевых нутрий (Z...tata, Z...tsts),даёт окраску пастелевых нутрий коричневого цвета с различными оттенками. 
Если по наследственным признакам черной окраски меха пастелевые нутрии гетерозиготны,то у взрослых нутрий может создаваться зональность в окраске остевых волос. Это нужно знать потому,что при разведении таких нутрий "в себе" они будут создавать выщенление — белых или бежевых нутрий малышей в зависимости от родословной родителей. 
При оценке пастелевых нутрий цена меха уменьшается за сильную выраженность бурого цвета в окраске.
Оценка меха осуществляется по характеристикам их окраски.Мех белых,перламутровых,чёрных и золотистых нутрий стоят больше ориентиеровочно на 10 % ,чем мех коричневых нутрий.
Полезная площадь шкурки главным образом зависит от размеров нутрии, который можно высчитать и исходя из массы зверя и его длины.Показатель называющийся коэффициентом корреляции между этими характеристиками и размером шкур у нутрий почти одинаковый и составляет 0,7 при первом варианте и 0,6 при втором.
Первое время мех нутрий использовали для пошива меховых изделий исключительно в щипаном виде - с удаленным остевым волосом. В последствии вошли в моду меховые изделия из натурального меха нутрий,то есть с присутствием остевых волос. Причём мех нутрии может применяться как с остевым,так и с пуховым волосом в качестве основного. Поэтому во время бонитировки дают оценку волосу и остевому,и пуховому.
Из за того,что при постоянном обитании на мелководье у нутрий больше всего требует утепление брюшко,опушение меха на нем значительно лучше,чем на мехе спины: мех на брюшке короче в длину,но при этом его плотность значительно больше.Исходя из этого оценка опушения меха у живых нутрий и на шкурках в первую очередь проводится на животе.
Основной особенностью меха нутрий по отношению к другими разводимым в искусственных условиях зверями считается слабо выраженное различие в опушении меха в зимнее и летнее время.Если в зверохозяйстве не занимаются должным образом качеством опушения меха,то эти характеристики могут сильно различаться.
Например,при идентичном рационе кормления и содержании нутрий плотность остевого волоса на 1 см меха спины находится в пределах 50 - 250, а пуховых волос - 3700 - 9950,на животе 130 - 470 и пуховых 12 150 - 33 825.
Эти характеристики требует тщательного изучения нутрий во время племенного отбора.При бонитировке в 5 баллов оценивают нутрий с хорошо развитой остью,полностью прикрывающей пуховой волос по всей поверхности меха, которая на животе должна иметь высокую плотность длиной более 10 мм; на меховом покрытии спины допускается более редкое опушение меха, на животе - более короткий остевой волос. При наличии меньшей плотности пуховых волос на животе и редковатом или даже редком опушении на меховом покрытии спины оценка уменьшается до 4 баллов;если длина пуховых волос на животе менее 8—10 мм мех получает оценку 3 балла; если на мехе присутствует недоразвитый остевой волос,который не перекрывает пуховой волос — 2 балла.
Учитывая желательность выравнивания мехового опушения нутрий на спине и животе,оценку равномерности пуховых волос меха оценивают дополнительно. Если разница длины пуховых волос на мехе спины и животе составляет не более 2 мм,то нутрии оцениваются в 5-баллов; если разница от 2 до 4 мм оценка уменьшается до 4;если разница в длине волос до 6 мм - 3 балла;если разница составляет до 8 мм — до 2 баллов и при разнице не менее 8 мм -до 1 балла.
При бонитировке принято определять оценку нутрий достигнувших возраста 6-7 мес в осенний период в октябре—ноябре месяце. У нутрий не существует определенных периодов линьки меха, она протекает диффузно весь год. Однако в зимний период опушение меха всегда лучшего качества,что объясняется существенным уменьшением количества выпадающих волос. В летний период проходит интенсивный рост новых волос мехового покрытия,который прекращается к зиме. Количество развивающихся волос в период лета мая—сентября месяца составляет 20—25 % от общего волосяного покрова меха,а в осенний период с ноября по апрель месяц этот показатель составляет 8—12 %. 
В наилучшем зимнем опушении меха на 1 см меха живота нутрий приходится около 15,6 тысяч волос,а в опушении летнего меха — всего 8,2. При этом количество пуховых волос по отношению в остевым в меховом покрытии существенно увеличивается,а соотношение остевых и пуховых волос меха составляет 1 к 70 по сравнению с 1 к 40 летом. Длина зимних пуховых волос находится в пределах 13,5 — 15,5 мм,а в летнее время -9—11 мм.Поэтому при оценке меха нутрий в различное время нужно соответственно корректировать требования.